はじめまして。
ご相談拝見いたしました。

【質問1への回答】
経営者保証ガイドラインによる債務減額の可否・金額は、具体的な事情と状況判断の下で債権者との妥結点を模索していく必要がありますので、一概にはいえません。
ガイドラインの考え方を非常に単純化・図式化した形でお示しすると、以下のとおりです。

対象債務合計額：A

保有個人資産総額：B
　うちインセンティブ資産：以下のX+Y+Z（※上限あり）
　一定期間の生計費に相当する額：X
　華美でない自宅：Y
　その他個別の事情により考慮・判断する残存資産：Z

弁済額：B-（99万円＋インセンティブ資産）

債務の減額（免除）範囲：A-弁済額

ただし、経営者保証ガイドラインは、あくまで債権者との合意によって成立する手続ですので、債権者に対する強制力はないことに、ご注意ください。

【質問2への回答】
上記のとおり、保有個人資産から一定の額を残存資産として残し、残存資産以外の資産を返済にあてます。
残る債務について減額（免除）を受けます。

【質問3への回答】
メリットとして、残存資産が自己破産より有利となる可能性があることのほか、以下のようなことがあります。
・「破産」でないこと
・中小企業活性化協議会や特定調停という、対象債権者以外には非公開の手続を使えること
・信用情報に事故情報として登録されないこと

全般的に、破産よりも再起を図りやすいことを目指した手続といえます。

主な注意点として、主債務者（法人）の法的整理手続または一定の準則型私的整理手続が継続している間に、経営者保証ガイドラインの手続を開始する必要があります。

公務員の方だったのですね。私が早合点してしまったようで、失礼致しました。

基本的に、結論は先の回答のとおりで変わりありません。

地方公務員の場合と国家公務員の場合とで、根拠となる法令・条文が異なります（厳密にはもう少し細かい区分がありますが、趣旨を外れるので省略します）。
ご質問の表現（審査請求）を拝見すると、おそらく地方公務員のお立場ではないかと拝察致しますが、念のため両方について説明いたします。

・地方公務員の場合
審査請求には、行政不服審査法の適用があります（地方公務員災害補償法51条参照）。
行政不服審査法上の不利益変更禁止も適用されます。

損害賠償との調整は、通常の労災と同様です（地方公務員災害補償法59条）。

・国家公務員の場合
不服申立ては「人事院への災害補償審査申立て」という制度になります（国家公務員災害補償法24条）。

その手続には、人事院規則13-3（災害補償の実施に関する審査の申立て等）が適用されます。
不利益変更禁止を明示した規定はありませんが、国家公務員災害補償法23条は、補償の実施について、これに相当する労働基準法・労働者災害補償保険法等による業務災害に対する補償・通勤災害に対する保険給付の実施との均衡を失わないように十分考慮しなければならない、と定めています。
労災では、不服申立て（審査請求）において不利益変更禁止がありますから、これとの均衡が求められるといえます。

直接の規定はないものの、官民の均衡の規定により、労災と同様の不利益変更禁止が求められている、という理解でよいと考えます。

なお、自賠責の後遺障害認定への異議申立てにおいても、被害者に不利益な等級変更はなされない取扱いであるというのが、実務関係者の共通認識かと存じます。

損害賠償との調整は、通常の労災と同様です（国家公務員災害補償法6条）。